Web Syllabus(講義概要)
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科目名:情報薬学特別講義
英文名:Special Lecture on Pharmaceutical Informatics
科目概要:博士後期_薬科専_薬科コ, 博士後期課程, 通年, 必修, 2単位

科目責任者:西端 芳彦 (非常勤教員)
担当者:西端 芳彦 (非常勤教員), 若杉 昌輝 (情報薬学部門・助教)
備考:

授業の目的

独立した研究者として、情報技術を活用した創薬研究を進めるようになるため、必要となる情報調査能力、立案力、独創性、研究発表力を身に付ける。
この科目は学位授与方針(ディプロマ・ポリシー)の薬科学専攻博士後期課程②③④に関連する。

教育内容

コンピュータを用いた演習を含む講義形式で行う。

教育方法

各項目に関する講義の後、コンピュータを用いた実習を行う。

講義内容

No.講義項目担当者開講日到達目標・学習方法・内容
1化学情報に関するプログラミング(その1)西端 芳彦
6月10日Chemoinformatic LibraryであるCDKについて、利用法を理解する。
2化学情報に関するプログラミング(その2)西端 芳彦
6月10日Chemoinformatic LibraryであるRDKitについて、利用法を理解する。
3機械学習の基礎(その1)西端 芳彦
6月11日機械学習の理論的基礎について理解する。
4機械学習の基礎(その2)西端 芳彦
6月11日機械学習を実行するためのライブラリについて、利用法を理解する。
5リレーショナル・データベースの基礎西端 芳彦
6月12日リレーショナル・データベースの原理、SQLの基本的な使用法を理解する。
6リレーショナル・データベースの活用西端 芳彦
6月12日実際に研究で使用されるRDMSについて、その特徴を理解し、基本的な使用法を学ぶ。
7化学構造データベースシステムの基礎西端 芳彦
6月17日化学構造を取り扱うデータベースについて、原理を理解し、基本的な使用法を学ぶ。
8WEBアプリケーション開発手法(その1)西端 芳彦
6月17日近代的なWEBアプリケーション開発手法について、使用される手法の種類と目的を列挙できる。
9WEBアプリケーション開発手法(その2)西端 芳彦
6月18日WEBアプリケーションフレームワークであるDjangoを用いて、WEBアプリケーションを開発する基本的手法を学ぶ。
10WEBアプリケーション開発手法(その3)西端 芳彦
6月18日Djangoに化学構造に関する操作を組み込む際の問題点とその解決法を理解する。
11バーチャルスクリーニング基礎西端 芳彦
6月19日創薬研究に使用されるバーチャルスクリーニングについて、基本的な概念と一般的な手法を理解する。
12バーチャルスクリーニングとフィンガープリント西端 芳彦
6月19日さまざまな化学構造フィンガープリントについて、原理と利用法を理解する。
13バーチャルスクリーニングと分子ドッキング西端 芳彦
6月24日代表的な分子ドッキング手法について、原理と利用法を理解する。
14de novoリガンド設計の基礎西端 芳彦
6月24日代表的なde novoリガンド設計手法について、その原理と問題点を理解する。
15オープンソースソフトウェアとソフトウェア・ライセンス西端 芳彦
6月24日開発したソフトウェアを公開する際の問題点を理解する。
No. 1
講義項目
化学情報に関するプログラミング(その1)
担当者
西端 芳彦
開講日
2020-06-10
到達目標・学習方法・内容
Chemoinformatic LibraryであるCDKについて、利用法を理解する。
No. 2
講義項目
化学情報に関するプログラミング(その2)
担当者
西端 芳彦
開講日
2020-06-10
到達目標・学習方法・内容
Chemoinformatic LibraryであるRDKitについて、利用法を理解する。
No. 3
講義項目
機械学習の基礎(その1)
担当者
西端 芳彦
開講日
2020-06-11
到達目標・学習方法・内容
機械学習の理論的基礎について理解する。
No. 4
講義項目
機械学習の基礎(その2)
担当者
西端 芳彦
開講日
2020-06-11
到達目標・学習方法・内容
機械学習を実行するためのライブラリについて、利用法を理解する。
No. 5
講義項目
リレーショナル・データベースの基礎
担当者
西端 芳彦
開講日
2020-06-12
到達目標・学習方法・内容
リレーショナル・データベースの原理、SQLの基本的な使用法を理解する。
No. 6
講義項目
リレーショナル・データベースの活用
担当者
西端 芳彦
開講日
2020-06-12
到達目標・学習方法・内容
実際に研究で使用されるRDMSについて、その特徴を理解し、基本的な使用法を学ぶ。
No. 7
講義項目
化学構造データベースシステムの基礎
担当者
西端 芳彦
開講日
2020-06-17
到達目標・学習方法・内容
化学構造を取り扱うデータベースについて、原理を理解し、基本的な使用法を学ぶ。
No. 8
講義項目
WEBアプリケーション開発手法(その1)
担当者
西端 芳彦
開講日
2020-06-17
到達目標・学習方法・内容
近代的なWEBアプリケーション開発手法について、使用される手法の種類と目的を列挙できる。
No. 9
講義項目
WEBアプリケーション開発手法(その2)
担当者
西端 芳彦
開講日
2020-06-18
到達目標・学習方法・内容
WEBアプリケーションフレームワークであるDjangoを用いて、WEBアプリケーションを開発する基本的手法を学ぶ。
No. 10
講義項目
WEBアプリケーション開発手法(その3)
担当者
西端 芳彦
開講日
2020-06-18
到達目標・学習方法・内容
Djangoに化学構造に関する操作を組み込む際の問題点とその解決法を理解する。
No. 11
講義項目
バーチャルスクリーニング基礎
担当者
西端 芳彦
開講日
2020-06-19
到達目標・学習方法・内容
創薬研究に使用されるバーチャルスクリーニングについて、基本的な概念と一般的な手法を理解する。
No. 12
講義項目
バーチャルスクリーニングとフィンガープリント
担当者
西端 芳彦
開講日
2020-06-19
到達目標・学習方法・内容
さまざまな化学構造フィンガープリントについて、原理と利用法を理解する。
No. 13
講義項目
バーチャルスクリーニングと分子ドッキング
担当者
西端 芳彦
開講日
2020-06-24
到達目標・学習方法・内容
代表的な分子ドッキング手法について、原理と利用法を理解する。
No. 14
講義項目
de novoリガンド設計の基礎
担当者
西端 芳彦
開講日
2020-06-24
到達目標・学習方法・内容
代表的なde novoリガンド設計手法について、その原理と問題点を理解する。
No. 15
講義項目
オープンソースソフトウェアとソフトウェア・ライセンス
担当者
西端 芳彦
開講日
2020-06-24
到達目標・学習方法・内容
開発したソフトウェアを公開する際の問題点を理解する。

評価方法

定期試験 
授業授業内で指示した課題で評価する(100%)。なお、授業態度等により減点する場合がある。
その他

学生へのメッセージ

この授業では、本研究室での研究に必要な広い範囲をカバーする。授業ではポイントのみを示すので必ず授業内容を実際に実行し、必要な技能を身につけること。

準備学習(予習・復習)・その他

1【授業時間外に必要な学習の時間:60時間】
2事前配布された資料に目を通しておくこと。授業内で指示された演習内容は必ず実行すること。

教材

種別書名著者・編者発行所
教科書(なし) 
参考書(なし) 
教科書
署名
(なし)
著者・編者
 
発行所
参考書
署名
(なし)
著者・編者
 
発行所